Пометка на удаление работает по логике реляционной БД, которой является 1С, если есть ссылка на объект, то его нельзя удалить. И все объекты в БД сначала помечаются на удаление, а потом удаляются с помощью обработки Удаление помеченных объектов.
Пометка на удаление может понадобится для многих случаев, в том числе когда вы только настраиваете алгоритм, и еще не назначали ни одному объекту, но нужно произвести изменения. Также она необходима для того, чтобы нельзя было удалить точки из алгоритмов, если они уже участвовали при согласовании документов.